توزیع کمک‌های بنیاد در کمیسیونی که به این منظور تحت اشراف مستقیم دفتر مدیر حوزه های علمیه راه اندازی شده تصمیم‌گیری می‌شود و در کمترین زمان ممکن بدون بروکراسی‌های خاص اداری و به صورت شفاف به جامعه هدف توزیع می شود.کمک هزینه ودیعه مسکن، پرداخت اقساط، کمک هزینه سلامت و درمان جهیزیه و ازدواج کمک به ایتام، حمایت از چاپ و نشر آثار نخبگان اعطای کمک معیشتی و حمایت از گروه‌های جهادی از اهم فعالیت‌های بنیاد در سال گذشته بوده است.

نکته بسیار مهمی که در مورد بنیاد خیرین وجود دارد این است که عملکرد این بنیاد مختص به طلاب و روحانیون نیست بلکه مجموعه خیرینی که حوزه‌های علمیه را مورد اعتماد خود می‌داند کمک هایشان را به این مجموعه اختصاص می دهند تا با توجه به نیات خیر آنها توزیع گردد و میزان قابل توجهی از این کمک ها در غیر حوزه اما به صورت هدفمند و با پیوست فرهنگی تبلیغی توزیع می گردد.

مدیر عامل بنیاد خیرین حوزه های علمیه تاکید کرد: در دهه اول محرم تعداد ۶۹ نفر از بیمارانی که توانایی پرداخت هزینه های درمان را نداشتند با کمک خیرین بنیاد ترخیص شدند و این پاسخی است به سلبریتی هایی که کمک های جامعه ی مذهبی را صرفا در برگزاری مراسمات عنوان نموده اند. لازم به ذکر است ۱۶۰ تن از خانواده های ایتام تحت پوشش مستقیم بنیاد هستند. همچنین فعالیت عظیمی برای اربعین حسینی و تشکیل موکب در مرز ایران و عراق از برنامه‌های پیش روی بنیاد است.

 یکی از مهم ترین فعالیت های این روزهای بنیاد راه اندازی پویش خانه های حسینی است که در آن، مستاجر متعهد می شود در ازای تخفیفی که از صاحب خانه می گیرد به صورت مستمر در خانه ای که اجاره نموده مراسم روضه برپا کند یا زیارت عاشورا بخواند و یا خانم خانه برای کودکان کلاس قرآن و نهج البلاغه داشته باشد. 

این طرح فعلا در قم اجرا می شود و متقاضیان چه کسانی که صاحب خانه هستند و دنبال مستاجری با این شرایط می گردند و چه افراد متدینی که حاضرند چنین شرطی را بپذیرند می توانند از طریق سایت بنیاد ثبت درخواست کنند تا در اسرع وقت با هم مرتبط بشوند. 

در این طرح هم مشکل مسکن بسیاری از افراد حل خواهد شد و نیازی نیست به سراغ ربا و وام های با سود بالا بروند و هم یک سنت حسنه دیرینه در میان خانه ها احیا می شود و طرفین از ثواب اخروی آن برخوردار خواهند شد.